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Human and Mammalian Brain Atlas: Basal Ganglia
HMBA Consensus Basal Ganglia Atlas: Interneurons
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HMBA Consensus Basal Ganglia Atlas: Interneurons | CAP
HMBA Consensus Basal Ganglia Atlas: Interneurons
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Summary
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Cell Metadata
Neighborhood
Class
Subclass
Group
cluster_id
Summary
Interneurons
Metadata
Dataset Type
Single. The file includes a single dataset whereby “dataset” means a single library or a set of technical replicates that can be combined without having to worry about the associated batch effect.
Total Cells
217,240
organism
Macaca mulatta
(78,343 cells)
Homo sapiens
(77,527 cells)
Callithrix jacchus
(61,370 cells)
tissue
brain
assay
10x multiome
disease
normal
Cell Labels
Neighborhood (3)
217,240 cells
Subpallium GABA
190,655
Glut Sero Dopa
25,540
Subpallium GABA-Glut
1,045
Class (6)
217,240 cells
CN MGE GABA
103,385
F M GABA
56,595
CN CGE GABA
28,688
F M Glut
25,540
Cx GABA
1,987
CN GABA-Glut
1,045
Subclass (17)
217,240 cells
CN ST18 GABA
64,046
F GABA
22,660
CN VIP GABA
18,572
CN LHX8 GABA
17,041
STR RSPO2 GABA
16,928
F Glut
13,025
F M Glut
12,515
STR SST-CHODL GABA
10,375
F M GATA3 GABA
10,372
CN LAMP5-CXCL14 GABA
10,116
CN LAMP5-LHX6 GABA
6,285
CN Cholinergic GABA
4,966
CN ONECUT1 GABA
4,869
ACx MEIS2 GABA
1,987
SN PAX7 GABA
1,653
CN GABA-Glut
1,045
STR SST GABA
785
Group (30)
217,240 cells
STR FS PTHLH-PVALB GABA
31,963
STR TAC3-PLPP4 GABA
27,484
VIP GABA
18,572
ZI-HTH GABA
14,316
VTR-HTH Glut
12,515
STR SST-CHODL GABA
10,375
LAMP5-CXCL14 GABA
10,116
GPe-NDB-SI LHX6-LHX8-GBX1 GABA
10,096
STR SST-RSPO2 GABA
9,846
STH PVALB-PITX2 Glut
8,054
AMY-SLEA-BNST GABA
7,677
STR LYPD6-RSPO2 GABA
7,082
GPe SOX6-CTXND1 GABA
6,945
SN-VTR-HTH GATA3-TCF7L2 GABA
6,900
LAMP5-LHX6 GABA
6,285
BF SKOR1 Glut
4,971
GPi Core
4,869
STR-BF TAC3-PLPP4-LHX8 GABA
4,599
GPin-BF Cholinergic GABA
2,381
SN GATA3-PAX8 GABA
2,335
STRd Cholinergic GABA
1,765
OB FRMD7 GABA
1,584
SN GATA3-PVALB GABA
1,137
GPi Shell
1,045
SN EBF2 GABA
1,016
STR Cholinergic GABA
820
STR SST-ADARB2 GABA
785
AMY-SLEA-BNST D1 GABA
667
SN SEMA5A GABA
637
OB Dopa-GABA
403
cluster_id (708)
217,240 cells
Human-21
13,930
Macaque-251
9,358
Human-42
5,439
Macaque-125
4,248
Human-40
3,695
Macaque-126
3,060
Human-355
2,471
Human-44
2,467
Marmoset-278
2,145
Marmoset-140
2,108
Human-521_1
1,966
Human-62
1,834
Macaque-237
1,821
Macaque-471
1,761
Human-519
1,712
Human-266
1,649
Human-350
1,600
Macaque-285
1,532
Human-404
1,435
Marmoset-431
1,395
Human-503
1,372
Macaque-472
1,334
Macaque-123
1,281
Macaque-256
1,259
Macaque-124
1,257
Macaque-166
1,237
Macaque-252
1,234
Macaque-153
1,216
Human-248
1,149
Human-456
1,147
Human-521_2
1,102
Macaque-495
1,093
Macaque-182
1,087
Macaque-189
1,072
Macaque-52
1,060
Human-208
1,011
Human-311
997
Macaque-470
976
Marmoset-1349
967
Human-365
905
Macaque-254
887
Macaque-21
879
Macaque-143
878
Macaque-82
874
Human-56
863
Macaque-216
857
Human-361
848
Marmoset-1403
846
Macaque-152
837
Macaque-494
835
Marmoset-911
832
Human-345
827
Macaque-241
821
Macaque-217
807
Macaque-54
803
Marmoset-1502
796
Macaque-180
791
Marmoset-1506
791
Human-18
751
Marmoset-931
746
Marmoset-1234
735
Macaque-300
718
Human-400
711
Human-542
711
Human-305
707
Human-496
706
Human-109
683
Human-128
679
Marmoset-728
671
Human-506
666
Macaque-81
642
Macaque-310
638
Macaque-127
635
Macaque-500
633
Human-249
627
Marmoset-916
627
Macaque-273
598
Marmoset-353
598
Macaque-305
590
Marmoset-315
588
Macaque-246
584
Human-201
583
Human-302
582
Human-453
578
Human-93
569
Macaque-322
550
Human-306
540
Macaque-253
539
Human-241
535
Human-368
532
Macaque-88
527
Macaque-111
525
Human-523_1
524
Marmoset-949
524
Marmoset-775
515
Marmoset-304
510
Marmoset-428
510
Macaque-142
509
Human-39
503
Marmoset-720
503
Macaque-194
498
Human-129
496
Human-379
494
Marmoset-366
488
Macaque-30
483
Macaque-66
482
Macaque-502
481
Human-549
479
Marmoset-1379
479
Macaque-297
478
Macaque-122
477
Marmoset-143
477
Macaque-178
476
Marmoset-921
473
Macaque-160
471
Marmoset-917
471
Marmoset-1500
468
Marmoset-283
467
Human-520
463
Marmoset-326
461
Marmoset-934
460
Marmoset-1371
459
Marmoset-427
445
Human-523_2
433
Marmoset-362
431
Macaque-148
430
Macaque-18
411
Human-426
411
Macaque-80
409
Marmoset-936
409
Macaque-171
408
Marmoset-933
404
Marmoset-355
397
Macaque-121
396
Marmoset-913
396
Marmoset-1413
395
Marmoset-950
392
Marmoset-149
390
Marmoset-784
388
Macaque-8
387
Marmoset-1398
386
Marmoset-320
386
Human-38
383
Marmoset-1351
383
Human-55
379
Marmoset-279
375
Macaque-501
372
Marmoset-335
372
Marmoset-777
371
Human-518
369
Marmoset-361
368
Macaque-118
360
Marmoset-1481
360
Human-37
359
Human-61
356
Macaque-154
355
Marmoset-1513
353
Macaque-174
351
Human-263
346
Marmoset-301
345
Macaque-19
342
Marmoset-429
342
Macaque-27
339
Marmoset-944
334
Macaque-146
333
Marmoset-396
333
Marmoset-328
332
Macaque-219
326
Macaque-214
326
Marmoset-1479
323
Marmoset-329
323
Marmoset-298
321
Macaque-86
320
Marmoset-325
318
Marmoset-1544
316
Macaque-238
315
Human-138
314
Marmoset-919
312
Macaque-110
305
Marmoset-145
295
Marmoset-310
295
Macaque-95
293
Macaque-120
293
Marmoset-1236
291
Marmoset-245
288
Macaque-87
286
Human-517
284
Human-206
282
Marmoset-1477
281
Marmoset-1512
280
Marmoset-1414
280
Human-173
279
Macaque-157
278
Marmoset-141
277
Marmoset-1370
276
Macaque-315
275
Macaque-309
275
Macaque-293
274
Macaque-168
273
Human-92
268
Marmoset-1243
268
Marmoset-324
268
Marmoset-952
267
Human-91
264
Macaque-298
263
Marmoset-1515
263
Marmoset-297
261
Human-310
256
Macaque-325
255
Macaque-159
252
Human-367
252
Human-284
250
Marmoset-369
250
Marmoset-941
250
Marmoset-281
245
Marmoset-915
244
Marmoset-721
244
Marmoset-937
243
Macaque-163
242
Marmoset-337
242
Human-59
238
Macaque-295
237
Human-253
236
Macaque-327
236
Marmoset-1525
235
Macaque-170
231
Macaque-363
230
Human-419
230
Marmoset-312
230
Marmoset-354
230
Marmoset-1470
226
Marmoset-730
226
Marmoset-318
225
Marmoset-923
225
Macaque-226
224
Marmoset-1240
224
Marmoset-1241
223
Marmoset-942
220
Marmoset-364
219
Marmoset-1509
217
Marmoset-321
217
Macaque-275
216
Human-401
214
Marmoset-1540
211
Marmoset-1472
210
Marmoset-322
210
Human-296
208
Marmoset-732
208
Human-395
207
Marmoset-1553
207
Macaque-138
206
Macaque-83
206
Marmoset-948
205
Marmoset-1499
201
Marmoset-1555
199
Marmoset-142
199
Human-134
198
Macaque-176
194
Marmoset-935
194
Human-287
191
Marmoset-733
191
Macaque-117
190
Macaque-314
190
Marmoset-1422
189
Human-391
188
Human-161
188
Macaque-23
186
Marmoset-1528
186
Marmoset-932
186
Macaque-190
185
Human-397
185
Marmoset-1556
185
Marmoset-1523
183
Human-41
182
Marmoset-947
178
Marmoset-359
176
Human-344
174
Marmoset-1469
174
Human-364
173
Marmoset-302
173
Marmoset-303
173
Macaque-489
171
Marmoset-1380
171
Macaque-114
170
Marmoset-740
168
Macaque-218
167
Human-554
167
Human-50
167
Marmoset-1478
167
Macaque-181
166
Macaque-165
165
Human-171
165
Human-346
164
Marmoset-352
164
Macaque-215
162
Marmoset-1410
162
Marmoset-1239
162
Human-295
160
Marmoset-1488
160
Human-259
159
Human-276
159
Marmoset-1471
158
Marmoset-938
154
Macaque-106
152
Macaque-158
152
Human-246
152
Macaque-366
150
Marmoset-1476
150
Human-353
149
Human-200
149
Macaque-294
148
Marmoset-1424
148
Macaque-155
147
Marmoset-1238
147
Marmoset-723
147
Macaque-89
145
Human-394
145
Macaque-186
144
Human-504
144
Marmoset-323
143
Marmoset-729
143
Macaque-103
142
Macaque-239
141
Macaque-270
140
Human-297
140
Macaque-488
139
Macaque-312
139
Macaque-320
139
Marmoset-1415
139
Macaque-240
137
Human-455
137
Human-351
137
Marmoset-1493
137
Marmoset-1409
137
Marmoset-918
137
Human-285
136
Marmoset-1458
136
Macaque-269
135
Marmoset-1355
135
Macaque-187
134
Human-140
133
Marmoset-1521
130
Macaque-247
128
Human-204
128
Marmoset-299
127
Marmoset-828
127
Marmoset-1482
126
Marmoset-1464
126
Marmoset-924
126
Marmoset-305
125
Marmoset-1353
125
Macaque-26
124
Human-247
124
Marmoset-308
124
Macaque-105
123
Human-254
123
Human-348
123
Marmoset-1543
122
Macaque-271
121
Marmoset-1551
121
Marmoset-1467
121
Marmoset-1537
121
Marmoset-432
121
Marmoset-363
121
Marmoset-786
119
Macaque-22
118
Human-281
117
Marmoset-1483
117
Marmoset-926
117
Marmoset-954
116
Marmoset-1474
116
Marmoset-336
116
Marmoset-927
116
Human-260
115
Marmoset-1374
115
Human-428
114
Marmoset-1408
114
Marmoset-1425
114
Macaque-364
111
Macaque-172
111
Marmoset-358
111
Macaque-318
110
Human-418
109
Marmoset-1459
108
Macaque-116
107
Human-524
107
Human-357
107
Marmoset-280
107
Human-58
106
Marmoset-1387
106
Marmoset-939
106
Marmoset-1547
105
Marmoset-1535
105
Marmoset-433
104
Macaque-102
102
Human-491
102
Human-375
102
Marmoset-1526
102
Marmoset-430
102
Macaque-255
101
Macaque-183
101
Marmoset-925
101
Macaque-109
99
Human-203
99
Human-258
99
Marmoset-727
99
Macaque-229
98
Macaque-191
98
Marmoset-792
98
Marmoset-830
97
Macaque-101
96
Macaque-324
96
Marmoset-722
96
Human-410
95
Marmoset-731
95
Marmoset-307
95
Macaque-177
94
Macaque-249
94
Human-438
94
Marmoset-1501
94
Marmoset-1514
93
Marmoset-1554
93
Marmoset-1545
93
Marmoset-1541
93
Marmoset-327
93
Macaque-7
92
Macaque-326
92
Marmoset-1549
92
Marmoset-1531
92
Macaque-115
91
Marmoset-1503
91
Macaque-63
90
Marmoset-1520
90
Marmoset-861
90
Human-286
89
Marmoset-1480
89
Marmoset-1536
89
Marmoset-780
89
Macaque-323
88
Human-356
87
Marmoset-1465
87
Marmoset-1466
87
Human-499
86
Human-283
86
Macaque-321
86
Marmoset-1421
86
Marmoset-1385
86
Marmoset-826
86
Marmoset-945
86
Macaque-25
85
Marmoset-1559
85
Marmoset-1518
85
Marmoset-1423
85
Marmoset-930
85
Marmoset-368
85
Marmoset-827
85
Human-544
84
Marmoset-1242
84
Macaque-244
83
Marmoset-1468
83
Macaque-156
82
Marmoset-1558
82
Marmoset-831
82
Macaque-24
81
Human-359
81
Marmoset-1382
81
Marmoset-1548
81
Human-347
80
Marmoset-340
80
Marmoset-1357
79
Marmoset-1362
79
Human-352
78
Human-252
78
Marmoset-1383
78
Marmoset-724
78
Human-430
77
Marmoset-397
77
Macaque-319
76
Marmoset-339
76
Macaque-55
75
Human-494
75
Human-130
75
Marmoset-1419
75
Marmoset-319
75
Macaque-119
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74
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74
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74
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74
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74
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74
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74
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73
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72
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72
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72
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70
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